Un virus est-il vivant ?

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Un virus. C’est ce que vous dit votre médecin quand il vous fait une ordonnance parce que vous toussez en plein hiver. Mais n’avez-vous jamais cherché une réponse à ce problème clairement vital, de savoir si un virus est un être vivant comme vous et moi ? Non ? Ce n’est pas grave, je le fais pour vous. Ayant effectué un Master de Virologie, cette question m’a souvent été posée lors des repas de famille ou les réunions entre amis.
L’idée que l’on puisse tomber malade et héberger des petites bêtes actives a quelque chose de fascinant pour moi. Vous rendez-vous compte qu’un simple virus, invisible et tellement minuscule que seuls des microscopes de haute technologie peuvent le voir, peut vous clouer au lit durant une semaine ou pire, vous assassiner ? Certaines épidémies se propagent comme une traînée de poudre, nous en avons chaque année la preuve avec la grippe. Les virus sont partout, chez tout le monde et ce depuis des temps immémoriaux. Oui, bon, c’est bien gentil de le savoir… Mais qui sont-ils exactement, ces virus ?

 

  •  Pause. Qu’est-ce que la vie, pour commencer ?

Ah, la vie. Cela me rappelle une époque de mon enfance où je regardais Le Bus Magique et Il était une fois la vie. Nous sommes conscients d’être vivants ; après tout nous mangeons, respirons, dormons et bougeons naturellement sans trop nous poser de question. Mais cela ne nous aide pas vraiment à définir ce qu’est la vie, n’est-ce pas ? D’après Wikipédia, « La vie (parfois écrit avec une majuscule, Vie) est un phénomène naturel observé à ce jour uniquement sur Terre ».

Mais biologiquement, à quel moment parle-t-on de vie ? La question est plutôt complexe et ce même pour les biologistes, d’autant plus qu’elle fait débat depuis des siècles au sein du clergé et chez les philosophes. Il est difficile de mettre tout le monde d’accord sur une définition donnée mais afin de rester concrets, nous allons nous baser sur les quatre principales conditions qui, en biologie, permettent de qualifier un organisme de « vivant ».

1) L’autonomie. Un être vivant se doit d’être autonome, c’est-à-dire qu’il possède en lui-même toutes les informations lui permettant de faire ce qu’il veut (courir, manger, regarder passer les nuages). Cela s’oppose par exemple à un ordinateur qui attend qu’on lui dise quoi faire pour pouvoir l’exécuter. Il ne va pas se mettre à ouvrir YouTube tout seul dans le simple but de s’ambiancer (et s’il le fait, je vous conseille de mettre votre antivirus à jour). Cette notion d’autonomie est tout de même variable chez les individus ; on la comprend très bien quand on parle d’un être humain ou d’un poney, mais lorsqu’il s’agit de considérer votre pelouse comme autonome, c’est tout de suite plus compliqué ! Par ailleurs, certains êtres vivants comme le lichen mènent à la réflexion. Le lichen résulte d’une association entre un champignon et une algue qui, pris séparément, ne peuvent pas survivre (et ne sont donc pas autonomes).  Mais l’association des deux, appelée symbiose, est parfaitement autonome ! L’important est que l’autonomie existe, qu’elle soit limitée ou non.

2) L’échange de matière et d’énergie avec l’environnement. La vie est définie par la capacité à grandir et à se nourrir, entre autres. Un être vivant doit donc être capable de prendre des nutriments dans son milieu afin de donner de l’énergie à ses cellules qui se mettront à proliférer pour augmenter la taille de l’organisme. Finalement, tout cela se traduit par un simple mot : métabolisme énergétique (ça fait deux mots en fait). L’être vivant consomme des aliments, produit de l’énergie pour pouvoir grandir, rejette des déchets qui retournent à l’environnement pour être transformés et à nouveau assimilés. On aboutit à la notion de croissance qui peut être plus ou moins rapide selon les espèces et les individus (un bébé humain grandit bien moins vite qu’un bébé chien) !

3) La reproduction. Je pense que cette condition est relativement explicite ! Un être vivant doit pouvoir transmettre son information génétique à une future génération afin de perpétuer l’espèce. D’ailleurs, si nous y regardons bien, c’est le seul objectif pour lequel nous avons pleinement conscience d’agir (et les animaux aussi) : nous voulons avoir des enfants pour laisser une trace de notre passage sur Terre, même si cette volonté est inconsciente et pas toujours réalisée. Les animaux, eux, ne se posent pas de question : la reproduction est leur moteur et tout ce qu’ils font vise à donner naissance à leurs jeunes.

4) L’évolution. A votre avis, pourquoi ne ressemblons-nous pas à des dinosaures ou à des hommes pré-historiques ? Parce que nous avons évolué, bingo ! Évolution et adaptation sont deux mots essentiels à cette réalisation. Parce que l’environnement autour d’un être vivant n’est pas figé, il est amené à se modifier ; par exemple, le climat change et entraîne avec lui la disparition (ou l’apparition, ne voyons pas toujours tout en noir) de nouvelles espèces. L’important est qu’un être vivant soit capable de s’adapter à ces changements et pour cela, il évolue : acquisition d’ailes, d’ongles ou de griffes, allongement du bec… Les solutions sont nombreuses pour trouver une stratégie intéressante. Ceci nous conduit directement au concept de la sélection naturelle : seuls les plus adaptés survivent. Autrement dit, n’oubliez pas de vous couvrir lorsqu’il fait très froid ou de vous hydrater en plein désert, c’est aussi ça l’adaptation !

Malgré ces quatre conditions, il n’est pas évident d’écrire une réelle définition de la vie. De nombreux scientifiques s’y sont essayés et certains d’entre eux pensent « tout simplement » qu’un être vivant est un organisme capable de transmettre son ADN, peu importe le reste. Pour ma part, je pense qu’effectuer une association entre les quatre grands concepts définissant le vivant permet d’obtenir une idée plutôt bonne de la vie en règle générale (mais là encore, cela n’engage que moi, libre à vous de vous faire votre propre opinion) !

  • Et un virus alors ? C’est pas une sorte de bactérie ce truc ?

Si vous voulez éviter de donner des envies de meurtre à votre médecin, lisez bien ce paragraphe. Je vais peut-être mettre fin à vos rêves ou à des années de croyance mais la vérité se doit d’être faite : non, un virus n’est pas (du tout) une bactérie. Oui, mais bon, les deux nous rendent malades -c’est un fait. C’est là que vous devez repenser au fameux slogan « les antibiotiques, c’est pas automatiques » ! Effectivement, les antibiotiques sont efficaces contre les bactéries uniquement. Et comme nous venons de le voir, un virus n’est pas une bactérie… Donc les antibiotiques ne feront rien au virus, et rien pour vous guérir si vous souffrez d’une infection virale ! A ce stade, vous devriez me demander des preuves. Sur quels arguments puis-je me baser pour affirmer en tout sérénité qu’un virus et une bactérie sont différents ? Surtout que la sémantique ne nous aide pas vraiment à y voir plus clair dans la mesure où ces deux mots sont souvent regroupés en un unique terme, microbe. Voici donc des éléments de réponse, que vous pourrez utiliser à loisir pour meubler les blancs lors d’un rendez-vous (si, je vous assure, essayez !).

Pour commencer, la bactérie est bien plus grosse que le virus. Ce serait un peu comme de comparer une baleine à bosse et un cochon d’Inde. La plus petite des bactéries mesure environ 0,2 micromètre (je vous vois faire le tableau des unités sur papier !), ce qui équivaut encore à plus gros que la majorité des virus. En bref, ils ne jouent pas du tout dans la même cour, bien que dernièrement, de nouveaux virus géants soient découverts.

Second point important, la bactérie est de que l’on appelle un procaryote ; elle contient du matériel génétique, comme les cellules qui composent votre corps, mais celui-ci n’est pas contenu dans un noyau (à l’inverse des cellules dites eucaryotes qui nous constituent). La bactérie possède un système énergétique, elle se divise pour donner de nouvelles bactéries, elle peut se déplacer seule et respirer… Oui, la bactérie est bel et bien vivante, que vous le vouliez ou non ! Par opposition, le virus est ce que l’on qualifie de « parasite intra-cellulaire obligatoire ». En plus simple, il n’est pas du tout autonome : si vous le laissez seul dans l’air, il ne fera rien : il ne se reproduira pas, ne mangera pas, ne bougera pas et mourra très certainement.

Un virus est comme une boite qui renferme du matériel génétique, mais c’est tout ; il ne possède pas, comme la bactérie ou les cellules eucaryotes, toute une machinerie à l’intérieur de lui-même qui lui permet de faire sa petite vie (simple façon de parler). Si un virus veut se « reproduire », il doit obligatoirement infecter une cellule. Il s’amusera alors à lui voler sa machinerie afin de produire des tonnes de bébés virus qui, la plupart du temps, tueront la cellule-hôte en sortant (c’est une version biologique d’Aliens, en somme).

Et pour terminer, une bactérie possède son propre ADN (l’ensemble de ses gènes qui détermine ses caractéristiques) mais aussi son propre ARN (il s’agit d’une « lecture » de l’ADN qui sera à son tour lue pour donner des protéines, comme l’hémoglobine ou la kératine chez l’homme). Le virus, lui, ne possède pas tout ça ; soit il contient de l’ADN, soit il contient de l’ARN… Et en plus de ça, il n’a même pas de machinerie personnelle à utiliser pour lire son matériel génétique et le convertir en protéines.

Vous voyez la grosse différence : une bactérie est autonome et clairement vivante d’après les quatre conditions que nous avons vues plus haut, tandis qu’un virus est un assisté de chaque instant dont l’éventuelle appartenance au monde vivant fait polémique.

En plus de cela, virus et bactéries n’ont pas les mêmes impacts sur leurs hôtes. Figurez-vous que la plupart des bactéries sont totalement inoffensives : nous en possédons plein les intestins, par exemple, et sans elles nous ne serions pas capables d’avoir une digestion efficace ou de produire certaines vitamines (vous avez dit autonome, l’humain…?). Environ une bactérie sur 5 000 est pathogène, c’est-à-dire néfaste pour son hôte. C’est par exemple le cas de la bactérie Yersinia pestis, agent destructeur de la peste. Je le mentionnais plus haut, les antibiotiques sont les seuls à pouvoir vous débarrasser d’une infection bactérienne. La réalité est autre en ce qui concerne les virus : la majorité d’entre eux sont pathogènes et seule la vaccination peut vous prémunir d’une infection. L’ennui, c’est qu’il n’existe pas de vaccin pour chaque virus ; c’est malheureusement le cas du VIH (Virus de l’Immunodéfience Humaine) ou du Chikungunya.

Les virus ne sont pas supprimés de l’organisme avec des antibiotiques mais avec des antiviraux qui, soulignons-le, ne peuvent pas toujours éliminer le virus mais simplement l’empêcher de se répliquer (mot savant pour dire « se multiplier »). Les patients souffrants d’une Hépatite chronique, par exemple, sont traités par des antiviraux dont le rôle est finalement d’atténuer leurs symptômes ; ils n’éliminent pas pour autant le Virus de l’Hépatite B qui dort dans les cellules infectées, et il en va de même avec les cures anti-VIH.

  • Finalement, c’est vivant ou pas ?

La question se pose encore (et se posera toujours, à mon avis) ! Chacun a sa réponse et il y a des arguments valables pour les deux types de réponse possible (oui ou non, quoi). Je pense donc que c’est à vous de vous faire votre propre avis sur ce point en fonction de ce que vous savez, de ce que vous allez découvrir et de ce que je vous ai raconté.

Un certain nombre de virologues considèrent les virus comme vivants. Il est vrai qu’à partir du moment où ils sont dans une cellule (et donc dans l’environnement approprié), ils se reproduisent et transmettent leur matériel génétique à leur descendance. On peut alors considérer qu’ils sont autonomes puisqu’ils savent utiliser par eux-mêmes la machinerie de leur hôte. Ce serait un peu comme une affaire de Belle au Bois dormant ; est-elle vivante lorsqu’elle est en plein sommeil, en attente du baiser salvateur ? De la même façon, un virus pourrait être considéré comme « endormi » quand il n’est pas dans une cellule. Pour ma part, je ne considère pas les virus tels quels comme des êtres vivants. Par contre, une fois dans la cellule, ils créent ce que l’on appelle des « usines virales ». Et une usine virale a toutes les caractéristique d’un être vivant : elle échange avec son environnement, elle est autonome, elle se reproduit et elle s’adapte.

C’est très difficile de prendre parti, vous l’aurez compris ! Cela ne m’empêche pas de les trouver fascinants dans leur genre, les virus. Imaginez un peu : quelque chose de quasi-non-vivant-on-sait-pas-trop capable de tuer des milliers d’êtres humains lors des pires épidémies virales… Pour un peu, on se croirait presque dans un remake de The Walking Dead.


Et là, vous vous dites que je vous ai fait tout un super topo pour répondre par un gros « je ne sais pas » à la question posée en titre ! Ne vous sentez pas arnaqués, parce qu’il s’agit véritablement d’une question sans réponse officielle. On peut facilement tourner au débat avec ce genre de chose et vous ne trouverez jamais LA réponse satisfaisante. C’est aussi une question de philosophie ! De même qu’il n’existe pas de définition officielle pour « la vie », il n’existe pas d’avis tranché sur notre sujet. Je suis cependant complètement ouverte à la discussion, alors n’hésitez pas à commenter cet article ou à m’envoyer des mails !

9 commentaires
  1. Bof bof dit

    Mais même s’ils ne respirent pas de façon pulmonaire, ils respirent quand même. La respiration pulmonaire est une restrictions étrangement arbitraire (vu que la majorité des êtres vivants ne respirent pas) et surtout elle sort vraiment de nulle part dans ton article. T’en parles pas du tout avant.

    D’ailleurs, tu dis que dans le cas du lichen il s’agit d’un être vivant même s’il ne peuvent pas vivre séparément. Et après tu dis qu’un virus n’est pas vivant parce qu’il ne peut pas vivre séparément ? Est ce que les composants du lichen sont non vivants avant de s’associer ? (idem pour tous les autres parasites obligatoires, style rickettsies)

    (c’est lâche les commentaires négatifs censurés pour ensuite changer le texte hâtivement)

    1. Peeweepox dit

      Bonjour !

      Je tenais à te contacter par rapport à tes commentaires sur mon article. J’ai effectivement préféré les censurer, parce qu’ils étaient (à mon sens) très agressifs. Comme je l’ai dit sur la page d’informations/contact, je n’ai pas la science infuse ; il est donc humain que je fasse des erreurs et je n’ai pas du tout pour intention de me faire passer pour un chien savant ! Simplement, je pense qu’il y a des façons de dire les choses. Tu aurais juste pu souligner ce qui te semblait être des erreurs avec un « bonjour », ça ne coûte rien, non ?

      Concernant la respiration, je n’en parle pas parce que ce n’est pas du tout le sujet. C’était un exemple bête que j’ai ressorti parce que c’est une des questions que l’on m’a posées il y a un moment (« les plantes ça respire pas alors c’est pas vivant ? »). Bien sûr que les plantes respirent, les poissons respirent, mais dans l’article je parle de l’humain en disant « nous mangeons, nous respirons », etc. Donc je fais la comparaison par rapport à NOTRE système, qui est pulmonaire et effectivement restrictif, mais ce n’est pas l’objet de l’article. Si cela n’était pas clair j’en suis navrée, il est bien que cela soit souligné, mais là encore… Je pense que l’agressivité n’a pas raison d’être 🙂 J’ai donc retiré cette partie afin qu’elle ne trouble personne d’autre.

      Concernant le lichen, je dis que l’être vivant appelé lichen est une association d’être qui, seuls, ne sont pas autonomes si on se base sur les 4 « conditions » expliquées dans l’article. Pour les virus j’ai dit la même chose : que SEULS ils ne sont pas « vivants » car ils ne remplissent pas les 4 conditions, mais qu’une fois dans la cellule où il y a formation d’une usine virale, ils possèdent toutes les qualités d’un organisme vivant. D’où la difficulté de répondre à la question ! Je pense que chacun peut avoir son opinion étant donné qu’il n’y a pas de dogme.

      Enfin, je tiens à préciser que cet article a été présenté à mes collègues de laboratoire, virologistes. Il ne m’ont pas souligné de calamité mais il est toujours bon d’avoir des avis extérieurs. Je te remercie néanmoins de tes remarques qui aident à avancer, il ne s’agit pas de lâcheté mais de filtrage. J’ai tenu compte de tes propos, j’ai modifié ce qui pouvait prêter à confusion, je prends le temps de te répondre, mais je ne pense pas qu’il soit nécessaire d’afficher des messages un brin haineux pour véhiculer des idées.

      Je ne souhaite pas paraître hautaine ou quoi, je ne pense vraiment pas être quelqu’un de prise de tête et je suis très ouverte à la discussion ! Je respecte les gens et par conséquent, j’attends aussi du respect en retour. On peut parfaitement souligner des erreurs ou des imprécisions avec politesse et bonne humeur et c’est le genre d’esprit que je souhaite véhiculer (qui plus est il ne s’agit pas d’ERREURS, mais éventuellement d’une formulation peu claire qui n’avait jusque là pas suscité de débat). Je souhaitais te répondre par mail (bien qu’il m’ait été conseillé de passer outre) parce que c’est un échange que j’estime un peu personnel, mais ne pas donner une véritable adresse… N’est-ce pas lâche aussi ?

      Bonne journée à toi !

  2. Anaïs dit

    Bonjour bonjour ! ^^

    J’ai vu le débat et je souhaitais répondre… Je ne trouve rien de choquant dans cet article pour ma part… J’avais compris l’idéé de la respiration etc sans que ce soit nécessaire de changer la phrase. Je suis en fac de bio et j’ai trouver ça intéressant et bien expliquer, mais bon j’imagine qu’on peut pas plaire à tout le monde… Haters gonna hate comme on dit !!!! Continue comme ça en tout cas ton site est très cool !

    Anaïs

    1. Peeweepox dit

      Bonjour Anaïs 🙂

      Merci pour ton soutien, c’est très encourageant et motivant ! Je te souhaite une bonne journée (et un bon week end par avance) 😀

  3. Near dit

    Hello,

    Je suis moi même en cursus scientifique, mais plutôt en Physique. Mon background en biologie est limité mais j’ai l’impression d’avoir compris l’idée générale de l’auteur.

    En science, il est commode de raisonner par l’absurde pour faire passer une idée ou pour une démonstration mathématique. En physique, on apprécie particulièrement ce type de raisonnement dans la mesure où il nous permet souvent de débloquer des situations complexes. Là où je veux en venir, c’est que j’ai trouvé que l’exemple avec la respiration s’insérait dans ce type de démarche donc il ne m’a pas choqué. Bien sur, je le sais que les poissons respirent, mais je peux tout a fait l’omettre juste pour comprendre une idée. Je ne sais pas si le même type de pratique est répandu en biologie mais c’est très efficace.

    Sinon, j’ai moi même des questions :
    – Existe t il des virus préhistoriques (assez vieux) encore en circulation ?
    Sur un tout autre sujet qui me trotte dans la tête :
    -Pourquoi la sélection naturelle n’a-t-elle pas supprimé(ou retardé) la ménopause chez les femmes ?

    🙂 🙂

    1. Peeweepox dit

      Salut Near, merci pour ton commentaire !

      Le raisonnement par l’absurde (apagogie) est effectivement très utilisé en physiques et en mathématiques, mais j’imagine qu’il peut aussi bien être appliqué à la biologie en vue de démontrer le contraire. C’est finalement ce que j’ai essayé de faire, alors je ne dois pas être la seule !

      Pour répondre à ta question sur les paléo-virus… Oui, il y en a, et même énormément ! Simplement ils ne sont pas forcément comme on les attend. Le génome humain est composé d’environ 8% de ce qu’on appelle des « rétrovirus endogènes ». Il s’agit de virus qui se sont intégrés à notre génome (au niveau des gamètes) il y a des milliers d’années et qui ont été transmis de façon verticale par la reproduction. Bien qu’ils soient inoffensifs du fait de l’évolution (ils sont présents en nous depuis tellement longtemps qu’ils ont appris à se faire discrets pour ne pas être virés !), certains d’entre eux sont encore capables de se déplacer en « sautant » d’une région du génome à une autre. Ça peut être problématique s’ils atterrissent au mauvais endroit, dans un gène important par exemple… Mais la plupart du temps, ils font ça bien et ne causent pas de problème. Certains d’entre eux ont beaucoup contribué à l’évolution, aussi ! Chez les mammifères, l’existence du placenta est par exemple permise grâce à l’expression du HERV-W qui produit de la syncytine 1 (https://fr.wikipedia.org/wiki/Syncytine_1). Comme quoi, les virus ne font pas que de nous rendre malades ! 🙂

      Dans un autre registre, les scientifiques ont pu, en 2015, « ramener à la vie » un virus géant vieux d’environ 30 000 ans. Il était conservé dans le permafrost sibérien et malgré tout, il est capable de reprendre sa réplication ! Le papier scientifique associé est disponible (http://www.pnas.org/content/112/38/E5327.full.pdf) mais je ne suis pas sûre qu’il soit accessible gratuitement pour les « particuliers ». Mais si ça t’intéresse je peux te l’envoyer par mail ! 😉

      Enfin pour ta deuxième question, je pense que j’essaierai d’y consacrer un article (ça tomerait plutôt pas mal vu que j’ai commencé à aborder le cycle féminin hier soir, héhé) !

      Très bonne journée à toi et au plaisir d’échanger à nouveau avec toi !

      1. C'EST ENCORE MOIIIII dit

        Point de vue syncytine (avec 2 y), il s’agit d’une famille de gènes. L’homme en a 2, Syn-1 et Syn-2, la souris en a 2 autres, les carnivores en ont un autre, etc…

        En fait il s’agit de captures indépendantes et d’env issues de différents virus. C’est d’ailleurs un détail important vu que le placenta est l’organe le plus variable au sein des mammifères, ce qui pourrait être du aux diverses captures.

        Par contre les ERVs ne sont pas « en circulation », en particulier chez l’homme. On se situe ici vraiment à la frontière de la virologie et les HERV ne produisent plus de particules et ne sont donc plus infectieux (et milliers d’années c’est un peu short, c’est plus des millions.)

        1. Peeweepox dit

          Merci pour tes précisions intéressantes et utiles ! 🙂
          Je n’entre simplement pas dans le détail profond parce que cela reste de la « vulgarisation », par exemple parler d’env c’est intéressant mais dans la mesure où je n’ai expliqué nulle part la structure du génome viral, il faut savoir jusqu’où pousser les explications pour rester compréhensible dans un commentaire sans écrire un article en entier. De même, la syncytine (merci pour la correction !) n’est qu’un exemple joint à une référence plus explicative. Bien précisé toutefois pour la « circulation » des ERV (là encore, j’ai dit « rétrovirus endogènes » parce que tout le monde n’est pas forcément familier avec les termes), je n’ai en effet pas parlé de l’aspect « réplicatif » mais juste de la capacité à se déplacer dans le génome, ce qui manquait de précision.

          J’espère que ces explications te conviennent Near et merci pour tes précisions lecteursanspseudo !

          1. Near dit

            Hello,

            Oui ça me va, j’étais déjà en train de préparer une réponse à ton premier message, si l’article raconte la manière dont ils ont ramené le virus « à la vie » je veux bien en lire le contenu. Ça fait un peu science fiction, j’aime bien.

            Pour ce qui ai de vos deux contributions supplémentaires j’ai bien peur de ne pas savoir ce que ERV veut dire (bon j’ai google pour le savoir mais quand même, pour le coup c’est pas très accessible si on n’est pas du milieu). J’ai l’impression d’avoir compris qu’aucun méchant virus vieux de millions d’années pourra m’infecter, c’est l’essentiel.

            :):)

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